Autorităţile de Management şi a Organismele Intermediare din domeniul utilizării fondurilor structurale şi de coeziune vor fi coordonate de Ministerul Fondurilor Europene (MFE). În acelaşi timp,  MFE coordonează şi structurile din domenului instrumentelor de preaderare PHARE şi ISPA, respectiv din instituţiile care exercită atribuţiile operatorilor de program în gestionarea granturilor SEE şi norvegiene. Totodată, ministerul elaborează cadrul normativ şi institutional pentru îndeplinirea obiectivelor strategice în domeniul gestionării fondurilor europene. Mult mai important, Ministerul poate controla utilizarea fondurilor UE în scopul respectării tuturor reglementărilor şi principiilor europene referitoare la utilizarea banilor publici. Ministerul va coopera cu o serie de instituţii publice pentru buna gestionare a fondurilor europene.