Prin Decizia Curţii de Conturi nr. 6/5.07.2012, s-a constatat că în cadrul Ministerului Justiţiei nu funcţionează Biroul central pentru expertize tehnice judiciare care să îndeplinească atribuţiile stabilite prin Ordonanţa Guvernului nr. 2/2000 privind organizarea activităţii de expertiză tehnică judiciară şi extrajudiciară, nerespectându-se astfel prevederile art. 4 alin. (1), art. 25 şi art. 32 din acest act normativ. Astfel, pentru înlăturarea acestei deficienţe, s-a decis constituirea Biroului central pentru expertize tehnice judiciare la nivelul Ministerului Justiţiei,  în vederea îndeplinirii atribuţiilor prevăzute de OG nr. 2/2000 privind organizarea activităţii de expertiză tehnică judiciară şi extrajudiciară.

O altă deficienţă constatată de Curtea de Conturi o reprezintă organizarea necorespunzătoare a activităţii de audit public intern prin subdimensionarea faţă de complexitatea şi volumul activităţilor auditate. Astfel, în Decizia Curţii de Conturi mai sus menţionată se arată că, la nivelul Ministerului Justiţiei, în anul 2011, s-a constatat că, Serviciul de audit public intern a fost subdimensionat faţă de complexitatea şi volumul activităţilor auditate şi nu are o structură adecvată. De asemenea, s-a arătat că, în lipsa unei structuri adecvate şi a unui număr corespunzător de posturi, există riscul ca Serviciul de audit public intern  din cadrul Ministerului Justiţiei să nu poată exercita atribuţiile stabilite de Legea nr. 672/2002 privind auditul public intern, republicată şi prin OMJ nr. 120/C/2011 pentru aprobarea Regulamentului de organizare şi funcţionare a Ministerului Justiţiei. Astfel, s-a constatat că nu au fost respectate prevederile art. 12 alin. (4) din Legea nr. 672/2002 privind auditul public intern, republicată.